探索單細胞奧秘，開啟空間組學(xué)新視野！首期“單細胞空間組學(xué)應(yīng)用科學(xué)沙龍”圓滿結(jié)束
2024-09-06
（一）單細胞空間組學(xué)的發(fā)展
生命科學(xué)的發(fā)展離不開技術(shù)的推動。從單細胞測序技術(shù)被《Nature Methods》評為2013年度技術(shù)，到空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)在2020年獲得年度技術(shù)的殊榮，并被認為將對細胞生物學(xué)、病理學(xué)和組織學(xué)的研究帶來深遠影響，再到空間蛋白組學(xué)剛剛進入科學(xué)視野，這些技術(shù)的進步正在不斷開拓新的研究領(lǐng)域。許多研究者已經(jīng)或正準備利用這些前沿技術(shù)來開展研究，但在技術(shù)平臺的選擇、研究方法的應(yīng)用、以及數(shù)據(jù)挖掘，多平臺整合等方面，仍有不少值得進一步探討的空間。
為此，森西賽智與iFuture科學(xué)咖于2024年9月5日舉辦了首期“單細胞空間組學(xué)應(yīng)用科學(xué)沙龍”。我們非常榮幸地邀請到在這一領(lǐng)域具有豐富經(jīng)驗的海內(nèi)外專家們，來分享他們的研究經(jīng)驗，并共同探討如何利用這些新興技術(shù)推動科學(xué)研究的進展。本次沙龍采用線上與線下結(jié)合的形式舉行，誠摯邀請身處上海及周邊的老師們親臨iFuture科學(xué)咖徐匯現(xiàn)場，與我們一同參與這場學(xué)術(shù)交流。通過此次機會，我們與科研工作者們共同探索單細胞空間組學(xué)的廣闊前景。
圖1. “單細胞空間組學(xué)應(yīng)用科學(xué)沙龍”簡介。
（二）陳云舜教授報告
我們首先邀請澳大利亞沃爾特和伊麗莎白·霍爾醫(yī)學(xué)研究院（WEHI）的陳云舜教授（Dr.Yunshun Chen)做題為“Exploring human breast cancer tissues with Vizgen MERSCOPE”的報告。陳教授分享了其在人類乳腺癌腫瘤微環(huán)境生信解析中大量利用Vizgen MERSCOPE?系統(tǒng)研究空間轉(zhuǎn)錄組的案例，基于MERSCOPE?開發(fā)了一系列的空間組學(xué)解析工具（研究細胞種類、細胞種類密度、腫瘤細胞微環(huán)境、腫瘤細胞分化等），說明Vizgen MERSCOPE?系統(tǒng)可以以亞細胞的分辨率分析FFPE組織樣本，其下游生信分析可提供豐富的、多角度的統(tǒng)計學(xué)分析數(shù)據(jù)研究腫瘤微環(huán)境。
圖2. 陳云舜教授簡介。
圖3.陳云舜教授的報告題目。
圖4. 陳教授回答提問。
（三）張曉亮先生報告
然后Vizgen中國區(qū)總經(jīng)理張曉亮先生做題為“超高分辨原位成像法空間轉(zhuǎn)錄組研究新維度——Vizgen MERSCOPE/MERFISH研究進展”的報告。張曉亮先生詳細介紹了Vizgen MERSCOPE?系統(tǒng)的原理、特點、優(yōu)勢和在空間轉(zhuǎn)錄組研究中的應(yīng)用，凸顯了其基于MERFISH（抗誤差多重?zé)晒庠浑s交）技術(shù)和超高分辨成像技術(shù)，可在亞細胞分辨率下實現(xiàn)大規(guī)模多重、基因組規(guī)模的核酸與蛋白分子成像的能力，具有高精度和無與倫比的檢測效率。MERSCOPE在腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、傳染病、發(fā)育生物學(xué)、植物學(xué)、農(nóng)業(yè)、細胞和基因治療等多個領(lǐng)域都有廣泛的應(yīng)用實例，為基于全組織的基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)提供變革性的見解，是加速藥物發(fā)現(xiàn)和開發(fā)的重要工具。并介紹了超過10000個基因的基因組原位成像和第一個利用MERFISH技術(shù)進行斑馬魚全胚胎三維空間轉(zhuǎn)錄組成像、空間轉(zhuǎn)錄組在免疫治療臨床研究中的重要進展等發(fā)展趨勢和最新成果，截至2024年8月底，應(yīng)用Vizgen技術(shù)的高質(zhì)量研究文獻發(fā)表超過240篇，其中不含預(yù)印本的正式發(fā)表期刊中CNS正刊超過30篇，含子刊超過70篇，75%影響因子為10分以上。
圖5. 張曉亮先生簡介。
圖6.張曉亮先生的報告題目。
圖7. 張曉亮先生介紹Vizgen MERSCOPE?系統(tǒng)。
（四）田瑞軍教授報告
我們也榮幸地邀請到南方科技大學(xué)田瑞軍教授在線對他的工作“單細胞分辨率空間可視化蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)應(yīng)用于解析胰腺癌腫瘤微環(huán)境”進行了經(jīng)驗分享。
圖8. 田瑞軍教授簡介。
圖9. 田瑞軍教授的報告題目。
（五）薛瑞棟教授報告
北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部薛瑞棟教授最后做了題為“空間單細胞解析腫瘤克隆演化與微環(huán)境”的報告。薛教授分享了在肝癌細胞的腫瘤間異質(zhì)性（分子亞型、診斷標(biāo)志物）、腫瘤內(nèi)異質(zhì)性（腫瘤進化樹和雙相演化模型）和細胞異質(zhì)性（TIME亞型、嗜中性粒細胞異質(zhì)性）研究中的工作，也凸顯了空間轉(zhuǎn)錄組分析在肝癌細胞異質(zhì)性研究中的重要作用。
圖10. 薛瑞棟教授簡介。
圖11. 薛瑞棟教授的報告題目。
圖12.薛瑞棟教授回答提問。
沙龍的線上直播也吸引了近2000人在線觀看，各位老師、科研工作者熱烈參加討論，進一步探討單細胞空間組學(xué)在腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域的廣闊應(yīng)用前景。現(xiàn)場活動在22:00落下帷幕，我們期待在下一期“單細胞空間組學(xué)應(yīng)用科學(xué)沙龍”中再次相聚，給各位科研工作者帶來更多、更精彩的學(xué)術(shù)盛宴！
（六）附錄
6.1關(guān)于MERFISH與MERSCOPE?
MERFISH（multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization，抗誤差多重?zé)晒庠浑s交）技術(shù)通過使用組合標(biāo)記、順序成像和糾錯條形碼方案來擴展單分子FISH（smFISH）的功能，以納米精度檢測RNA。這為研究人員開啟了了解每個細胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄組組成與分布的窗口。MERFISH技術(shù)由哈佛大學(xué)莊小威教授團隊開發(fā)并于2015年首次發(fā)表，此后已累計發(fā)表了200多篇經(jīng)過同行評審的文章，每年都有更多令人興奮的發(fā)現(xiàn)。MERSCOPE? “超高分辨單細胞原位空間組學(xué)分析系統(tǒng)”以革命性的MERFISH技術(shù)引領(lǐng)，探索超高分辨多重原位單細胞空間基因組學(xué)新維度，這是全球第一個結(jié)合單細胞和空間基因組學(xué)分析的超多重、超高分辨率原位單分子檢測分析平臺。將MERFISH技術(shù)的強大性能和潛力與高分辨率成像、流體學(xué)、圖像數(shù)據(jù)處理和自動化相結(jié)合，提供了一個端到端的解決方案，協(xié)助科學(xué)家極致探索空間生物學(xué)信息。通過空間基因組學(xué)技術(shù)，可以生成包括RNA表達、細胞類型、細胞狀態(tài)和組織物理結(jié)構(gòu)的完整生物圖譜，為生物學(xué)提供了前所未有的理解深度，打開了生物技術(shù)下一個前沿的大門。
6.2 關(guān)于Vizgen?
Vizgen致力于開拓下一代基因組學(xué)，提供展示原位單細胞空間基因組學(xué)廣闊潛能的工具。該公司在空間基因組學(xué)領(lǐng)域建立了基準，并持續(xù)推動行業(yè)創(chuàng)新，提供最高的靈敏度、出色的特異性以及高度精確的細胞分割。這些工具使研究人員能夠通過空間背景對調(diào)控人類健康和疾病的生物系統(tǒng)不斷獲得新的見解。Vizgen 的 MERSCOPE? 平臺可在亞細胞分辨率下實現(xiàn)大規(guī)模多重、基因組規(guī)模的核酸與蛋白分子成像，具有高精度和無與倫比的檢測效率。MERSCOPE為腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、傳染病、發(fā)育生物學(xué)、植物學(xué)、農(nóng)業(yè)、細胞和基因治療等領(lǐng)域廣泛的基于全組織的基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)提供了變革性的見解，是加速藥物發(fā)現(xiàn)和開發(fā)的重要工具。截止2024年3月，應(yīng)用Vizgen技術(shù)發(fā)表的SCI文獻數(shù)目≥100篇且影響因子超20分的文獻數(shù)目≥30篇。有關(guān)詳細信息，請轉(zhuǎn)到 www.vizgen.com，郵箱china@vizgen.com。或在社交媒體Wechat，Twitter，LinkedIn和Facebook上關(guān)注并聯(lián)系我們。
6.3 關(guān)于森西賽智
Vizgen的中國區(qū)戰(zhàn)略合作伙伴“森西賽智科技有限公司”將和Vizgen團隊攜手共同打造國內(nèi)高水平單細胞原位空間組學(xué)分析技術(shù)和服務(wù)平臺。
森西賽智（北京/上海/廣州/成都）擁有超過20年的生命科學(xué)和生物技術(shù)領(lǐng)域的自主研發(fā)和國際品牌代理經(jīng)驗，專注于國內(nèi)整合和推進全球產(chǎn)品進入中國的研發(fā)市場，產(chǎn)品線覆蓋分子、蛋白、細胞、組織、小動物、生物工藝和自動化等領(lǐng)域。森西賽智在全國各主要城市都有銷售或售后服務(wù)網(wǎng)點，相關(guān)工作人員均接受原廠培訓(xùn)，具有雄厚的技術(shù)支持基礎(chǔ)，可以為客戶提供專業(yè)周到的服務(wù)。自成立以來，“森西賽智科技有限公司”已為5300+客戶提供優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品和服務(wù)。